Το Αρχαιολογικό Μουσείο Κισσάμου στεγάζεται στο ενετοτουρκικό μνημείο της κωμόπολης το οποίο είναι γνωστό ως ‘Διοικητήριο’. Βρίσκεται στο χαρακτηρισμένο ως παραδοσιακό τμήμα, στη θέση που καταλάμβανε ο οικιστικός πυρήνας της ενετοκρατίας, έξω από το βενετσιάνικο κάστρο, το ‘Castel Chissamos’ από το οποίο προέκυψε και η προηγούμενη ονομασία της κωμόπολης, Καστέλι. Κατά την Τουρκοκρατία το κάστρο διευρύνθηκε και έκλεισε μέσα στην περίμετρο του και το ‘Διοικητήριο’. Στη μακραίωνη ιστορία του, το μνημείο δέχτηκε πολλές επεμβάσεις, από τις οποίες οι πιο πρόσφατες (2000) αφορούσαν στην προσαρμογή του στη νέα χρήση του ως Αρχαιολογικό Μουσείο της κωμόπολης αλλά και της ευρύτερης περιοχής της Κισσάμου. Τα εκθέματα του παρέχουν μια διαχρονική εικόνα της ιστορίας της περιοχής από την προϊστορική εποχή μέχρι την ύστερη αρχαιότητα, δηλ. τους παλαιοχριστιανικούς χρόνους.
Η έκθεση είναι χωρισμένη σε ενότητες με βάση χρονολογικά και τοπικά κριτήρια και είναι κατανεμημένη στο ισόγειο και τον όροφο του κτηρίου. Το σύνολο της έκθεσης του Μουσείου περιλαμβάνει αρκετό πληροφοριακό και εποπτικό υλικό. Για την πληρέστερη ενειμέρωση και την προσέλκυση του ενδιαφέροντος των επισκεπτών υπάρχει στη διάθεση τους στα δεξιά μετά τη είσοδο , μια ηλεκτρονική παρουσίαση με έρευνα και τεκμηρίωση γύρω από τον πλέον καταστροφικό σεισμό της αρχαιότητας , το 365μΧ. Που έπληξε την Κρήτη και ισοπέδωσε την Κίσσαμο.
Ισόγειο αίθουσα 1
Η έκθεση αρχίζει με ένα γενικό χρονολογικό πίνακα και χάρτη με τις αρχαιολογικές θέσεις της περιοχής που παρουσιάζονται μέσα από τα εκθέματα. Ακολουθεί η παρουσίαση της μινωικής εποχής με ευρήματα από τις ανασκαφές στα Νοπήγεια, πρώην κοινότητας Δραπανιά.
Αίθουσα 2
Η έκθεση εδώ ξεκινά με τη γεωμετρική εποχή και εστιάζει την προσοχή στην ιστορική εξέλιξη των σημαντικότερων πόλεων κρατών της περιοχής , την Πολυρρήνεια και τη Φαλάσαρνα. Οι δύο πόλεις άκμασαν στους ελληνιστικούς χρόνους, η πρώτη ως χερσαία και η δεύτερη ως ναυτική δύναμη.
Αίθουσα 3
Συνεχίζεται η παρουσίαση των ελληνιστικών χρόνων με κεραμικά ευρήματα από μη αυτόνομες πόλεις και οικισμούς της ευρύτερης περιοχής . Χαρακτηριστικά δείγματα της κεραμικής παραγωγής και της δυτικής πλευράς της Κρητης είναι οι μεγάλοι αμφορείς με μαύρο γάνωμα και επίθετα ανάγλυφα εμβλήματα κατασκευασμένα με μήτρες . Στην ίδια αίθουσα εκτίθενται ελληνιστικές επιγραφές και στη συνέχεια το μεγαλύτερο μέρος της συλλογής των γλυπτών της περιοχής της Κισσάμου , έργα ως επί το πλείστον της ρωμαιοκρατίας. Στο χώρο του ανελκυστήρα, κάτω από το κλιμακοστάσιο, διατηρείται στη θέση του μέρος της ανασκαφής ρωμαικού λουτρού, πάνω στο οποίο είχε οικοδομηθεί κτίριο κατά την ενετοκρατία .
Όροφος
Ολόκληρος ο όροφος είναι αφιερωμένος στην πόλη της Κισσάμου και στα ευρήματα των πολυπληθών κατασκεύων της. Αποτελεί μια προσπάθεια οργάνωσης έκθεσης της ρωμαιοκρατίας, η οποία έχει αφήσει τόσα πολλά μνημεία στην Κρήτη, επισκιασμένα όμως κάτω από το δυνατό φως της προβολής του μινωικού πολιτισμού της.
Η ελληνορωμαική πόλη της Κισσάμου, όντας η ίδια λιμάνι στο σταυροδρόμι των θαλάσσιων δρόμων της εποχής, παρουσιάζει μια ιδιαίτερη άνθηση στους ρωμαικούς αυτοκρατορικούς χρόνους. Τα δημόσια οικοδομήματα, κυρίως συγκροτήματα λουτρών, δείχνουν μέσα από τη λάμψη του μαρμάρου στην αρχιτεκτονική και γλυπτική διακόσμηση, μια τρυφή και αγάπη για την πολυτέλεια. Από τις αρχαιολογικές ανακαλύψεις ξεχωρίζουν οι εκτεταμένες αστικές επαύλεις, απόπου διασώθηκαν κυρίως τα ψηφιδωτά δάπεδα, ορισμένα γλυπτά, μαρμάρινα τραπεζοφόρα και πλήθος ενδείξεων τοιχογραφικού διάκοσμου, πεσμένου στο έδαφος σε θραύσματα.
Αίθουσα 4
Η μεγαλύτερη αίθουσα του μουσείου είναι αφιερωμένη στη παρουσίαση των αστικών επαύλεων της ελληνορωμαικής Κισσάμου. Εδώ μπορεί να θαυμάσει κανείς ψηφιδωτά δάπεδα με ενδιαφέρουσες εικονογραφικές παραστάσεις, ένα δείγμα opus sectile (μαρμαροθετημένο σε ψηφιδωτό δάπεδο) , ένα ηλιακό ρολόι, τραπεζοφόρα και γλυπτά.
Αίθουσα 5
Η έκθεση της αίθουσας εστιάζεται στην οικονομία της πόλης μέσα από τη νομισματική κυκλοφορία και τους κρυμμένους θησαυρούς αλλά και τις εμπορικές σχέσεις της με βάση τους αμφορείς, ντόπιους και εισαγμένους με ανάλογο εποπτικό υλικό.
Αίθουσα 6
Εδώ παρουσιάζεται η καθημερινή ζωή μέσα από αντικείμενα της οικιακής χρήσης στην πλειονότητα τους από διάφορα υλικά, πηλό, μέταλλο, οστό. Μερικά από τα ανασκαμμένα κεραμικά παρουσιάζουν αξιόλογη βιοτεχνική παραγωγή. Σε ειδική μεγάλη προθήκη επιχειρήται να δοθεί μια εικόνα της βιβλικής καταστροφής της πόλης από το σεισμό του 365μΧ. Που σηματοδοτεί και το τέλος της ακμής της.
Αίθουσα 7
Η τελευταία αίθουσα παρουσιάζει τον κόσμο του θανάτου. Από την πρώιμη περίοδο της Κισσάμου, μια γυναικεία ταφή με πολλά κτερίσματα του 4ου αιώνα πΧ. Καταλαμβάνει μια ολόκληρη προθήκη.Στην περίοδο της ρωμαιοκρατίας ανήκει το μεγαλύτερο μέρος των υπόλοιπων ταφικών ευρημάτων. Η συνέχεια στην ύστερη αρχαιότητα, τη λεγόμενη παλαιοχριστιανική εποχή, παρουσιάζεται με ορισμένα κτερίσματα τάφων που αποτελούν επιβίωση των αρχαίων ταφικών εθίμων. Ενδεικτικές επιτύμβιες χριστιανικές επιγραφές αποδεικνύουν την κρατούσα πλέον νέα θρησκεία, μετά το μεγάλο καταστροφικό σεισμό και κυρίως από τον 5ο αι. μΧ. και εξής. Σε περίοπτη προθήκη ειδικών συνθηκών εκτίθενται κοσμήματα από πολύτιμα υλικά που αποτελούν ως επι το πλείστον κτερίσματα ταφών. (Κείμενα – επιμέλεια: Στ. Μαρκουλάκη- Μ. Μιλιδάκης από το έντυπο που εξέδωσε για το Μουσείο η ΚΕ εφορία προϊστορικών – κλασσικών αρχαιοτήτων Δ.Κρήτης) )